دانشگاه جندی شاپور (که بصورت جندیشاپور نیز نامیده شده) در سال۲۷۱ بدست شاهنشاهان ساسانی در دزفول بنیاد نهاده شد. این فرهنگستان همچنین دارای یک بیمارستان آموزشی و یک کتابخانه بود.
بیمارستان جندی شاپور نخستین بیمارستان آموزشی جهان بود. در این فرهنگستان دانش‌های فلسفی و پزشکی تدریس می‌شد و بنا به روایات حبس و مرگ مانی پیغمبر نیز در جندیشاپور روی داده‌است.
جندی شاپور یکی از هفت شهر اصلی خوزستان بود. نام آن در آغاز «گوند-دزی-شاپور» به معنی «دژ نظامی شاپور» بوده‌است. دیگر نام‌هایی که برای آن به‌کار می‌رفته عبارت است از پیل‌آباد، خوز، نیلاب ، نیلاط. در سریانی آن را بیت لاباط می‌نامیدند.
برخی پژوهشگران بر اینند که بنیادی همانند به جندی شاپور از زمان پارتیان در این جایگاه قرار داشته‌است. شهری به نام جندی شاپور را شاپور یکم فرزند اردشیر ساسانی پس از شکست دادن سپاه روم به سرکردگی والرین ، بنا نهاد. شاپور یکم جندی شاپور را پایتخت خود قرار داد.
نام آوری جندی شاپور بیشتر در زمان خسرو انوشیروان ساسانی انجام گرفت.
